ストーリー
銀河系全体でクローン戦争が激化し、勇敢なジェダイ騎士は秩序を保ち、平和を取り戻そうと必死になっている。だが、銀河共和国が、尽きることのないドロイド軍を率いる邪悪な分離主義者にどんどん支配されていき、それまでのシステムは次々にダークサイドの餌食になっていく。
そんななかで、アナキン・スカイウォーカーと弟子のアソーカ・タノは、将来に大きな影響を及ぼす重要な任務に送り出され、その過程で、彼らは犯罪組織の首領、ジャバ・ザ・ハットと直接かかわり合うことにもなる。だが、ドゥークー伯爵と、冷酷非情なアサージ・ヴェントレスをはじめとする残忍な手下たちは、アナキンとアソーカを倒すためならばどんな犠牲もいとわない。
一方、クローン戦争の前線では、オビ＝ワン・ケノービとジェダイ・マスターのヨーダが敵の強力な軍勢に抵抗するために、クローン軍を率いて勇敢に戦っていた…。